Die Vegetation entspricht heute nicht mehr den ursprünglichen natürlichen Verhältnissen, denn Portugal war mit Ausnahme der Dünen und Marschen an der Küste mit Wald bedeckt. Die Rodung begann teils schon in der Megalithkultur und erreichte ihren Höhepunkt um 1550, als die Spanier immer mehr Holz für Schiffe und Industrie benötigten.

Heute gibt es größtenteils nur noch Macchie. Ende der siebziger Jahre begann eine große Aufforstungskampagne, in der vor allem Nadel- und Eukalyptussetzlinge gepflanzt wurden. Unter anderem wachsen dort noch winterharte Eichenarten und Korkeichen. Im südlichen Küstenbereich findet man auch Johannisbrot-, Feigen-, Mandel-, Lorbeer-, und Granatbäume. Sie wurden durch die Römer eingeführt, die ebenfalls den für den Mittelmeerraum typischen Ölbaum verbreiteten. Die aus Südamerika stammenden Palisanderholzbäume (Jacaranda mimosifolia) findet man häufig als städtische Straßenbäume, die im Frühjahr durch ihre blau-violette Blüte auffallen.

Die Region Algarve ist zudem auch ein Anbaugebiet von Korkeichen.